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「マクロスシリーズ」生誕20周年記念として制作されたのが本作である。
地球が異星人ゼントラーディとの戦争（第一次星間大戦）に巻き込まれる7か月前、2008年の南海の孤島マヤンを舞台に、現代文明と伝統文明の相克、人類創生の秘密が描かれる。

『超時空要塞マクロス』の舞台となる近未来（2009年）を現実に迎えつつあることから、本作はそれまでの続編作品とは逆にシリーズの過去にさかのぼり、現実世界と架空のマクロスワールドが交錯する過渡期の状況に焦点を当てた。

F-14やMiG-29という実在する兵器と、可変戦闘機 (VF) やデストロイドという空想未来兵器が同世界のなかに登場する。

監督の河森正治は当初、南の島を舞台にした戦記ものに可変戦闘機の開発エピソードを絡めた短編2本立ての物語を構想していた。
しかしロケーション・ハンティング（ロケハン）中にアメリカ同時多発テロ事件が発生し、ミリタリー的な作風を自粛するムードがあったため、民俗学を下敷きにした神話的作風へ方向転換することになった。



2008年には『マクロスF』（設定年代は2059年）が制作され、これにあわせて改訂された基本年表では、本作の事件が2008年7月に起きたとする記述が加えられ、この時代（2059年）には機密情報が公開されてマヤン島事変やVF-0の存在も公になっていることが示唆された。

また、作中では本作の物語がシン・工藤の伝記とされ、『マクロスF』第10話「レジェンド・オブ・ゼロ」ではこれを原作とした映画「鳥の人」として、本作を題材にした劇中劇が登場し、一般市民にも広く知られた「物語」となっている様子が描かれている。また本作の登場人物、マオ・ノームのその後の消息も描かれている。

この『マクロスF』内のエピソードが語るように、すべての「マクロスシリーズ」に共通する「架空の世界（マクロスワールド）の歴史的出来事をモチーフにして、あとから作られた創作作品（フィクション）である」という設定は本作品においても例外ではなく、
史実をモチーフに制作されたが、必ずしも作品内の事象がすべてにおいて史実どおりとは限らないということである。本作ではあえて随所にそれを強調する演出が意図的に盛り込まれている。

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