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だが、その後児童相談所に送致された1人を除く6人の生徒は、犯行自供を撤回し、犯行の否認やアリバイの主張をし始めた。これに対して1993年8月23日、山形家庭裁判所は、逮捕された上級生3人に対し、刑事訴訟における無罪に相当する非行なしを理由とする不処分の決定をした。一方、補導された同級生3人に対しては同年9月14日、2人に初等少年院送致、1人に教護院送致の保護処分が決定された。これに対し3人は処分取り消しを求め仙台高等裁判所に特別抗告するが、「アリバイは認められない」として抗告は棄却された。それに対し最高裁判所へ再抗告もしたが、再び棄却された。
そして翌1994年、7人全員に対し、刑事裁判の有罪に相当する保護処分が確定。これに対し少年は事故死を主張して山形地方裁判所に提訴。その後1995年に、死亡した生徒の両親が少年7人と新庄市に対し1億9400万円の損害賠償を求める民事訴訟を起こす。この際、少年らは山形地裁への提訴を取り下げた。
2002年3月19日、民事訴訟に対し山形地裁は「事件性は無い」として原告側の訴えを退ける。両親は仙台高裁に控訴し、2004年5月28日、仙台高裁は一審判決を取り消し、少年7人に5760万円の支払いを命じる。少年らは上告するが、2005年9月6日に最高裁は上告を棄却、元生徒7人全員が事件に関与したと判断、約5760万円の支払いを命じ不法行為認定が確定した。原告側の代理人弁護士によると、結審から10年を経過した2015年時点で任意の支払いに応じた元生徒はいないという。
損害賠償請求権は2015年9月には10年間の時効にかかることから、その前に時効の中断の手続として元生徒7人のうち4人には債権の差し押さえ等の措置がとられたが、3人については勤務先の会社が分からないなどの理由で手続が進まなかったため損害賠償請求権の時効を中断させるための提訴が行われた[1]。 2016年8月23日、損害賠償金の支払いを遺族が求めた裁判の判決が下り、請求通り支払いを行うよう元少年2人（元少年1人に関しては給料の差し押さえにより訴えを取り下げている。）に対して請求通り支払いをするように命じた。 ウィキペディアより引用
