日本
沈没
航空母艦:赤城267名(航空搭乗員含む)[517]、加賀 811名[518]、蒼龍 711名[519]、飛龍 392名(米軍救助者含まず) [520]
重巡洋艦:三隈700名[521]
損傷
重巡洋艦:最上92名[522]
駆逐艦:荒潮
航空機:喪失艦載機289機（内、21機はミッドウェー配備予定の第六航空隊。水偵4機）
この中には「十二試艦爆」を含む。
戦死[523]
山口多聞少将（戦死後中将に特進）
岡田次作大佐（戦死後少将に特進）
柳本柳作大佐（戦死後少将に特進）
加来止男大佐（戦死後少将に特進）
崎山釈夫大佐（戦死後少将に特進）
上記の沈没・損傷艦の他、筑摩の航空搭乗員3名、利根の航空搭乗員2名、駆逐艦谷風11名、朝潮21名、荒潮35名、嵐1名、風雲1名、給油艦あけぼの丸10名が戦死した。総計3,057名を失い、その中に加賀の飛行隊長：楠美正少佐（戦死後中佐に一階級特進）、飛龍の飛行隊長：友永丈市大尉（戦死後中佐に二階級特進）ら110名の空母艦載機搭乗員を含む。各母艦別の搭乗員損失は、赤城7名(艦戦4、艦爆1、艦攻2)、加賀21名(艦戦6、艦爆6、艦攻9)、蒼龍10名(艦戦4、艦爆1、艦攻5)、飛龍72名(艦戦11、艦爆27、艦攻34) [524]。搭乗員損失率は反撃した飛龍が最多。空母上でアメリカ軍機空襲とその後の誘爆により戦死した搭乗員は赤城4名、加賀13名、蒼龍4名、飛龍8名である[524]。
海戦直後の混乱や作戦後の被害秘匿のための特殊な人事処理で、海戦直後の資料は不正確。第一航空艦隊が6月12日に行った報告では、第一航空戦隊、第二航空戦隊で、戦闘機45名、艦上爆撃機51組、艦上攻撃機57組が残存となっている。内地に帰還したのちに作成された第一航空艦隊戦闘詳報では消耗52組となっている[525]。
6月10日の大本営発表は「空母エンタープライズ型1隻、ホーネット型1隻撃沈。米軍機120機。日本軍損害 空母1隻喪失、巡洋艦1隻大破、35機喪失」[526]、6月18日の大本営発表で「空母1隻撃沈を取り消し、大破認定。巡洋艦1隻、潜水艦1隻撃沈」と訂正発表した[526]。南雲機動部隊の戦闘詳報では、エンタープライズ型空母2隻撃沈、サンフランシスコ型大巡1隻大破、米軍機173機撃墜である[527]。
