佐川氏の指示を巡っては、同省が18年6月に公表した調査報告書で、「国会答弁を踏まえた内容とするよう念押しがあった」と記載されたが、具体的な指示内容は明らかになっていなかった。
一方、財務局側が改ざんに抵抗していた実態も詳細につづられていた。赤木さんが作成した文書によると、財務省が学園に厚遇したと受け取られる恐れのある部分を調書から削除する方針を示したのに対し、財務局側が「現場として厚遇した事実もないし、(会計)検査院等にも原調書のままで説明するのが適切」と意見し、「修正に抵抗」したと記載。「現場の問題意識として既に決裁済みの調書を修正することは問題があり行うべきではないと、本省審理室担当補佐に強く抗議した」とも記していた。
一方、財務局側が改ざんに抵抗していた実態も詳細につづられていた。赤木さんが作成した文書によると、財務省が学園に厚遇したと受け取られる恐れのある部分を調書から削除する方針を示したのに対し、財務局側が「現場として厚遇した事実もないし、(会計)検査院等にも原調書のままで説明するのが適切」と意見し、「修正に抵抗」したと記載。「現場の問題意識として既に決裁済みの調書を修正することは問題があり行うべきではないと、本省審理室担当補佐に強く抗議した」とも記していた。