【 神 社 本 庁 と の 被 包 括 関 係 に 属 さ な い 神 社 】
有名な神社であっても、金刀比羅宮・鎌倉宮・靖国神社・伏見稲荷大社・日光東照宮・気多大社・白崎八幡宮・梨木神社・
新熊野神社・富岡八幡宮など
神社本庁との被包括関係を有せず、単立宗教法人として運営される場合がある。
大きな単立神社は約2000社、小さな祠等を含めると20万社の単立神社がある。
東大阪市のように宗教法人格を有している神社に限っても半数以上が神社本庁に属していない地域もある。
神社本庁以外にも神社神道系の包括宗教法人がいくつかあり
（神社本教、北海道神社協会、神社産土教、日本神宮本庁など）、
これに属する神社は神社本庁の被包括関係には属さない。
気多大社は別表神社であったが、財産の管理および処分に関する気多大社神社規則変更における対立から訴訟の末、
神社本庁から離脱し、単立神社となっている。
明治神宮も2004年（平成16年）に神社本庁と被包括関係を解消し、
別表神社から離脱したが、2010年（平成22年）8月23日に再び神社本庁と被包括関係になった。
富岡八幡宮は宮司人事に対する神社本庁の姿勢に疑問を持って離脱を決定、
2017年（平成29年）6月に離脱を神社本庁に通知し、
同年9月に所管する東京都が承認した。
また金刀比羅宮が神社本庁から蔑ろにされた事を理由として2020年6月に離脱した。
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