山麓には意外に温泉も少なく、噴気孔などもないので、すぐに火山活動が起こるとはあまり考えられません。森吉山のすぐ東には秋田焼山がありますが、こちらの火山活動も、現在のところ特段の変化はみられていません。
しかしながら、2000年以降の森吉山付近の地震は、震源の深さはおおむね10ｋｍかそれよりやや浅い場合が多いので、仮にマグマが関連しているとしますと、警戒するに越したことはないかもしれません。ちなみにこの深さは、富士山の特に南麓で近年定常的にみられている、マグマが関連すると思われる地震と、おおむね同じ深さです。
