2010年・第12回
3月、一般社団法人日本フットボールリーグを設立
11月、Jリーグ臨時理事会でガイナーレ鳥取のJリーグ入会が承認される
2011年・第13回
9月、ジェフリザーブズがシーズン終了後のJFL退会を発表
12月、日本トップリーグ連携機構に加盟
12月、Jリーグ臨時理事会で町田ゼルビア、松本山雅FCのJリーグ入会が承認される
2012年・第14回
J2・JFL間での入れ替え制度（J2・JFL入れ替え戦）を導入
1月、アルテ高崎がJFL退会を発表。この影響により、参加チーム数が減少（18チーム→17チーム）
10月、SAGAWA SHIGA FCがシーズン終了後のJFL退会を発表
11月、Jリーグ臨時理事会でV・ファーレン長崎のJリーグ入会、及び町田ゼルビアのJリーグ会員資格の喪失が承認される
2013年・第15回
参加チームが増加（17チーム→18チーム）
10月、J3発足に伴い加盟クラブ数が減少することを受け、2014年度JFLへの入会を募集したところ、北海道リーグを除く8地域リーグ所属25クラブ（うち1つはKyuリーグ所属の鹿児島県2クラブ合併予定）から入会希望申請書が提出されたことが発表される。
11月、Jリーグ理事会でカマタマーレ讃岐、AC長野パルセイロ、SC相模原、FC町田ゼルビア、ツエーゲン金沢、ブラウブリッツ秋田、FC琉球、Y.S.C.C.、藤枝MYFC、福島ユナイテッドFCのJリーグ入会が承認される
2014年・第16回
参加チームが減少（18チーム→14チーム）。
J3発足に伴い、J2・JFL間での入れ替え制度（J2・JFL入れ替え戦）を廃止
2ステージ制を復活。前後期それぞれの1位チームによるチャンピオンシップを新設（試合方式参照）
11月、Jリーグ理事会でレノファ山口FCのJリーグ入会が承認される。
