来日以降
江戸時代初期、長崎の唐人寺であった崇福寺の住持に空席が生じたことから、先に渡日していた興福寺住持の逸然性融が、隠元を日本に招請した[2]。
当初、隠元は弟子の也嬾性圭を派遣したが、途中船が座礁して客死した。隠元への来日招請は四度に及び、二十人以上の弟子を率いて[3]、鄭成功が仕立てた船に乗り、承応3年（1654年）7月5日夜に長崎へ来港した。随行した弟子には良静・良健・独癡・大眉・独言・良演・惟一・無上・南源・独吼らがおり、月洲筆『普照国師来朝之図』にこのときの模様が描かれている[注釈 1][注釈 2]。
隠元が入った興福寺には、明禅の新風と隠元の高徳を慕う具眼の僧や学者たちが雲集し、僧俗数千とも謂われる活況を呈した。
明暦元年（1655年）、崇福寺に移る[2]。同年、妙心寺元住持の龍渓性潜の懇請により、摂津嶋上（現在の大阪府高槻市）の普門寺に晋山するが[2]、隠元の影響力を恐れた江戸幕府によって、寺外に出る事を禁じられ、また寺内の会衆も200人以内に制限された。
隠元の渡日は、当初3年間の約束であり、本国からの再三の帰国要請もあって帰国を決意するが、龍渓らが引き止め工作に奔走し[要出典]、万治元年（1658年）には、幕府第4代将軍・徳川家綱と会見した[2]。その結果、万治3年（1660年）、山城国宇治郡大和田に寺地を賜り、翌年、新寺を開創し、旧を忘れないという意味を込め、母国の寺と同名の黄檗山萬福寺と名付けた。
寛文3年（1663年）には、完成したばかりの法堂で祝国開堂を行い、民衆に対しては、日本で初めての授戒「黄檗三壇戒会」を厳修した[注釈 3]。
