青山剛昌の漫画『名探偵コナン』（1994年1月 - ）の作品設定などがこの『ピカソ君の探偵ノート』に類似していることに関して、季刊誌『ぱろる』1996年冬（12月20日）号内のコラム『お作法の時間どす』（2001年、風濤社『これでいいのか、子どもの本!!』収録）にて舟崎が言及している。
それによると舟崎は、この作品の復刊と第2作『マカロニグラタン殺人事件』発表後、「『ピカソ君の探偵ノート』そっくりのマンガが売れていて、TVアニメにもなっているらしい」と読者から指摘されて、初めて『名探偵コナン』の存在を知り、単行本を1冊だけ買って調べてみたところ、状況設定が「極めて似ている」ことを確認した。第1巻のみの確認ではそれが偶然の一致なのかかどうか判断しかねるが、それも面倒であり、先方にこれ以上印税をプレゼントするのも業腹として、知人を介して小学館に事情を質したところ、「作者（青山）は舟崎さんの作品を読んでいないかも知れません。だが、スタッフが『ピカソ君』のシチュエーションを面白がって、一アイデアとして提案した可能性はないとは云えない」という返事だった（同著30ページの記述による）。
後日舟崎は、同著コラムにてこの問い合わせの経緯を公表、当時の小学館の対応の不誠実さに関して「責任の所在がない」「グレてやる」と苦言とも取れるコメントを残している。また『ピカソ君の探偵ノート』シリーズ第3作『大リーガー殺人計画』に「名探偵でコンナひと、ほかにもいたっけピカソ君?」という『名探偵コナン』を意識したあおり文を添えるなどの反応を行っている[1]。
