カインの妻もセト(セツ)の妻もアダムとエバの娘たちの中から結ばれたと考えられます。
創世記の5章3節〜5節にこのように書かれています。
3)アダムは百三十年生きて、彼の似姿として、彼のかたちに男の子を生んだ。彼はその子をセツと名付けた。
4)セツを生んでからのアダムの生涯は八百年で、彼は息子たち、娘たちを生んだ。
5)アダムが生きた全生涯は九百三十年であった。こうして彼は死んだ。
新改訳聖書2017より引用
当時はアダムとエバの子らしか存在していなかったので、セツやカインは自分達の姉妹またはその娘たちと結婚するしか無かったと思います。
当時は近親者との交配でも奇形は生まれなかったのではないでしょうか?
但し、それは必ずしも不特定多数の娘たちとのセックスを意味するものではなく、
基本的には一夫一婦制であったと考えられます。