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ＧＡＩＮＡＸ総監修ビジュアル・ガイドブック エヴァンゲリオン・クロニクルに説明がありました。
ＧＡＩＮＡＸ総監修ビジュアル・ガイドブック
エヴァンゲリオン分冊百科
エヴァンゲリオン・クロニクル １１
用語辞典より 引用
人類補完計画
「Ｅ計画」「アダム計画」と並び、
碇ゲンドウが遂行にあたっている計画のひとつ。
ＮＥＲＶの上位機関にあたる人類補完委員会の指導のもと、
使徒殲滅と重ねる形で進められている。
ＮＥＲＶにおけるすべての任務の中で最も重要なものとされ、
その内容は人々の個体生命の形を消し去り、
「出来損ないの群体として行き詰った人類を完全な単体生物へ人工進化させる」
ものだと葛城ミサトは語っていた。
サードインパクトはこの計画遂行の過程（もしくは人類補完計画の一端）で発生している。
計画はゼーレと碇ゲンドウが共に目指してきたものではあったが、
互いに計画内容や方法が異なる部分もあったようで、
最終的に両者は決別している。
ゼーレの当初の計画では、ＥＶＡシリーズによりリリスの卵である黒き月を掘り起こしたのち、
ロンギヌスの槍を用い、リリスを依代に行う予定であったようだが、
第１５使徒アラエル戦において槍が失われてしまったため、
予定は変更され”リリスの分身”であるＥＶＡ初号機が使用され人類の補完が開始される。
一方、ゲンドウが想定していた計画は、その手にアダムの肉体を宿し、
綾波レイと融合することにより「アダムとリリスの禁じられた融合」による人類の補完を行い、
「人類の心の隙間を埋める」というものであったようだが詳細は不明。
ただ、碇ユイと再び逢うための手段と考えていたことは確かであろう。
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